Академия наук Кыргызской ССР возникла 20 декабря 1954 года на базе Кыргызского филиала Академии наук СССР. Возглавил академию Иса Коноевич Ахунбаев. Сегодня в составе Национальной Академии наук КР находятся 39 действительных членов академии, 49 членов-корреспондентов и 8 иностранных членов.